MGPS & l'INRA
The microbiota in human health
and well being.

The TEAM

Direction

Dusko Ehrlich

Responsable du projet MGP


Après un doctorat à l’Université Paris VII, S. Dusko Ehrlich effectue un séjour de recherche à l'université de Stanford comme associé du Prix Nobel Joshua Lederberg. Il rejoint l’Inra en 1986. Microbiologiste et génomicien il a impulsé nombre de grands projets sur le microbiome, tel que le Human Microbiome Project du NIH et le projet européen MetaHIT, qu’il a coordonné. Son approche pluridisciplinaire ouverte aux compétences complémentaires lui a permis de créer une plateforme de travail rassemblant cliniciens, génomistes, microbiologistes, informaticiens et bio-analystes au sein du projet MetaHIT. Les résultats obtenus ont eu de grands impacts : décryptage du métagénome intestinal (notre "deuxième génome"), découverte des entérotypes (une classification des types de microbiotes) et mise au jour des risques accrus pour une large part de la population de développer des maladies chroniques. Stanislav Dusko Ehrlich est membre de l’American Academy for Microbiology, de l’Académie croate des sciences et des arts, de l’Académie française d’agriculture et de l’Organisation européenne de biologie moléculaire.

Florence Haimet

Directrice de l'unité


Avec environ 20 ans d'expérience dans le management de la recherche, Florence Haimet a été pendant les 12 ans qui ont précédé Adjointe de partenariat du Département de Microbiologie et Chaine Alimentaire de l'INRA. Cette fonction incluait entre autres la négociation des contrats de recherche, le management de la propriété intellectuelle, et d'une façon générale la négociation avec tous types de partenaires industriels, des start-up aux grands groupes internationaux, ainsi que les consortia. Traduire nos idées et nos découvertes en nouveaux produits et services, pour le bénéfice de la société, dans le domaine de la santé humaine et du bien être et la justification de notre existence et le centre de nos activités pour MGP

Joël Doré

Directeur Scientifique


Joël est Directeur Scientifique de MetaGenoPolis et membre du bureau scientifique du pôle Microbiologie de l’école Doctorale “Innovation Thérapeutique” de l’Université Paris-XI. Entré à l’INRA en 1983, il a obtenu son PhD de l’Université d’Illinois à Urbana-Champaign, USA, en 1988. Son but est de contribuer à une meilleure connaissance du microbiote intestinal pour étayer des recommandations de nutrition-santé mais aussi des choix thérapeutiques et une prise en charge des patients, basés sur la science.

Plateforme biobanque - SAMBO

Joël Doré

Directeur scientifique


Membre du Conseil scientifique Microbiologie de l'école doctorale Innovations thérapeutiques de l'université Paris XI, Joël Dore a rejoint l'INRA en 1983. Il a obtenu en 1988 un doctorat de l'université de l'illinois à Urbana -Chapaign (Etats-Unités). Son but est de contribuer à une meilleure compréhension de l'écosystème intestinal pour apporter des clés décisionnelles dans le domaine des choix thapeutiques, ainsi que des recommandations scientifiques dans le domaine de la nutrition.

Florence LEVENEZ

Responsable Opérationnelle


Après de nombreuses années de travaux de recherche sur les hormones et les peptides gastro- intestinaux, elle consacre, à partir de 2001, son intérêt sur la biodiversité du microbiote intestinal (humain ou animal) par une approche basée sur les ADN16S (TTGE- qPCR) puis par la métagénomique au sein de l’unité MICALIS. Intégrée depuis 2013 dans l’unité MGP, elle est en charge de la plate-forme Sambo biobanking. Elle met son expérience et ses compétences à la mise en place et le développement de processus normalisés et automatisés pour la collecte, l’aliquotage et le stockage d’échantillons biologiques, ainsi que la production d’acides nucléiques bactériens de qualité pour la métagenomique quantitative dans le cadre de la norme Iso 9001.

Mickael CAMUS


Mylène ROBINET


Plateforme de séquençage haut-débit - METAQUANT

Dusko Ehrlich

Directeur scientifique


Après un doctorat à l’Université Paris VII, S. Dusko Ehrlich effectue un séjour de recherche à l'université de Stanford comme associé du Prix Nobel Joshua Lederberg. Il rejoint l’Inra en 1986. Microbiologiste et génomicien il a impulsé nombre de grands projets sur le microbiome, tel que le Human Microbiome Project du NIH et le projet européen MetaHIT, qu’il a coordonné. Son approche pluridisciplinaire ouverte aux compétences complémentaires lui a permis de créer une plateforme de travail rassemblant cliniciens, génomistes, microbiologistes, informaticiens et bio-analystes au sein du projet MetaHIT. Les résultats obtenus ont eu de grands impacts : décryptage du métagénome intestinal (notre "deuxième génome"), découverte des entérotypes (une classification des types de microbiotes) et mise au jour des risques accrus pour une large part de la population de développer des maladies chroniques. Stanislav Dusko Ehrlich est membre de l’American Academy for Microbiology, de l’Académie croate des sciences et des arts, de l’Académie française d’agriculture et de l’Organisation européenne de biologie moléculaire.

Hugo Roume

Responsable opérationnel


Benoit QUINQUIS

Responsable Automatisation


Avec plus de 15 ans d'expérience en génomique bactérienne, Benoit Quinquis s'est spécialisé en métagénomique dès son lancement à l'INRA en 2008. Il est responsable des processus d'automatisation de la préparation des échantillons et de la construction des librairies pour le séquençage métagénomique haut-débit.

Nathalie GALLERON

Responsable Production


Nathalie Galleron a accompagné les premiers pas de la génomique bactérienne, en participant au séquençage du génome de plusieurs bactéries, compétence qu'elle a ensuite développée pour la métagénomique depuis 2008. Elle est en charge de la production de l'atelier MetaQuant. Elle est également responsable qualité pour l'unité.

Gwenolah ANNONAY


Mélina CORDEAU


Plateforme métagénomique fonctionnelle – METAFUN

Hervé BLOTTIERE

Directeur Scientifique


Biologiste cellulaire de formation, Hervé Blottière a obtenu un doctorat en Immunologie des Tumeurs de l'Université de Nantes (France) en 1989. Il a passé 2 ans au Wistar Institute à Philadelphie. Il est Directeur de Recherche à l'INRA . Il est actuellement Directeur Scientifique de la plateforme MetaFun, l’une des plateformes du projet MétaGénoPolis, démonstrateur pré-industriel financée par les Investissements d’Avenir. Il dirige également l’équipe FInE « Fonctionnalité de l’Ecosystème Intestinal » au sein de l’UMR 1319 Micalis de Jouy en Josas. Il est coordinateur du projet FunMetaGen financé par l'ANR et a été co-coordinateur du projet Marie-Curie CROSS-TALK financé par l'UE (2008-2012). Partenaire de nombreux projets de métagénomique dont MetaHIT (UE-FP7, 2008-2012), MicroObes (ANR, 2008-2011) et MetaCardis (UE-FP7, 2012-2017). Il est l'auteur de 82 publications dans des revues internationales à comité de lecture et de 22 articles de synthèse et chapitres de livre. h index = 28. Ces dernières années, il s’est consacré à l’étude de la physiologie du colon et du rôle du microbiote intestinal en santé Humaine, et a développé une approche de métagénomique fonctionnelle pour étudier le dialogue microbiote-hôte.

Véronique LÉJARD

Responsable Opérationnelle


Véronique Léjard a obtenu un doctorat en Physiologie et Physiopathologie de l’Université Pierre et Marie Curie (France) en 2007 avec une thèse portant sur la régulation transcriptionnelle du collagène de type I dans les tendons. Elle s’est ensuite spécialisée dans l’étude de la formation des tendons en réalisant un premier post-doctorat dans l’équipe « Formation et réparation des muscles et des tendons » du Laboratoire de Biologie du Développement (UMR7622, Paris) puis un second post-doctorat dans l’équipe « Matrice extracellulaire et développement » de l’Institut de Biologie et Chimie des Protéines (IBCP, Lyon). De 2011 à 2013, elle a travaillé dans le domaine de la génétique et génomique bovine au sein de l’unité de Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI) de l’INRA (Jouy-en-Josas). Elle y a développé un criblage fonctionnel in vitro de polymorphismes d’un seul nucléotide régulateurs (rSNP) bovins putatifs. Depuis 2013, elle est responsable opérationnelle de la plateforme de métagénomique fonctionnelle, MetaFun, de l’unité Métagénopolis. Elle s’intéresse ainsi à l’exploration des interactions entre le microbiote intestinal et les cellules intestinales humaines et cherche à identifier des gènes et molécules bactériens bioactifs capables de moduler diverses fonctions des cellules intestinales humaines.

Parfait EVOUNA MENGUE


Amélie GOUDET


Samah SFAXI


Plateforme informatique et biostatistiques - INFOBIOSTAT

Dusko Ehrlich

Scientific Director


After completing his PhD at Université Paris 7, S. Dusko Ehrlich was a research associate of Prof Joshua Lederberg, Nobel prize winner, at Stanford University. He was hired by INRA as a research director in 1986. Specialized in microbiology and genomics, the concepts and ideas he presented were a driving force for large initiative such as the Human Microbiome Project, funded by the NIH, and MetaHIT, supported by the European Commission, of which he was the coordinator. His multidisciplinary approach, opened to complementary competences led him to gather clinicians, genomic specialists, microbiologists, computer science specialists and bio-analysts within the MetaHIT project. The achievements of the project included deciphering the intestinal microbiota, our "second genome", discovery of the enterotypes (a classification of our intestinal microbiota into three categories), as well as uncovering the added risk of chronic diseases for a large of the human population. Stanislav Dusko Ehrlich is a member of the American Academy for Microbiology, the Croatian Science Academy, the French Academy of Agriculture and the European Molecular Biology Organisation.

Nicolas PONS

responsable opérationnel


Nicolas Pons est bioinformaticien à l'INRA de Jouy-en-Josas depuis 2003. Il a abordé différents thèmes de recherche autour de la génomique et plus récemment de la métagénomique. Lors de son doctorat obtenu en 2007, il a développé une stratégie de reconstruction de réseaux de régulation de l'initiation de la transcription chez les procaryotes par la détection des motifs dits de régulation. En octobre 2010, il intègre en tant qu’Ingénieur de Recherche INRA la plateforme de séquençage à très haut-débit (MetaQuant) dans l'UMR Micalis puis dans MetaGenoPolis. A partir de 2014, il participe à la création de la plateforme InfoBioStat et prend la responsabilité opérationnelle de celle-ci. Dans InfoBioStat, il se focalise sur le développement de bases de données et de méthodes de traitement pour l’analyse de données métagénomiques de type big-data issues de différents projets de recherche (MetaHIT, MicroObes, MetaCardis, EvoTAR…).

Emmanuelle LE CHATELIER

Chargé de Recherche


Emmanuelle LE CHATELIER est un Chargé de Recherche avec un doctorat en Microbiologie et une longue expérience en biologie moléculaire dans le domaine de réplication d'ADN. Depuis 2010, elle s'investit dans l'analyse des données métagénomiques du microbiote intestinal, la reconstruction de génome et leur association avec les phénotypes de l'hôte, dans le but de décrypter le rôle du microbiote avec la santé et identifier des biomarqueurs diagnostiques/pronostiques de pathologies données.

Anne-Sophie ALVAREZ

Ingénieur de recherche bioanalyste


Après une expérience professionnelle dans la recherche clinique en milieu hospitalier et dans la microbiologie industrielle en maison de Champagne, Anne-Sophie Alvarez a reçu son doctorat de Microbiologie de la Délégation Générale de l'Armement (DGA) en étudiant les relations entre la colonisation nasale de Staphylococcus aureus et le microbiote nasal de patients hospitalisés. Anne-Sophie s'intéresse à des projets de recherche sur le microbiote humain et son impact sur la santé. Actuellement, elle effectue un post-doctorat au sein de l'équipe du Pr. Dusko Erhlich (Unité MetaGenoPolis, INRA Jouy-en-Josas) pour développer ses compétences en méthodes biostatistiques d'analyse du microbiote.

Ariane BASSIGNANI


Magali BERLAND

Chef de projet en bioinformatique et biostatistiques


Magali est docteure en bioinformatique & modélisation statistique et ingénieure de l’INSA de Lyon (promotion 2010). Après avoir été enseignante-chercheuse à l’université de Nantes, elle a rejoint en septembre 2014 l’équipe InfoBioStat de l’unité MetaGenoPolis pour étudier le rôle du microbiote intestinal sur la santé humaine. Elle est en charge de projets d’analyses statistiques et de développements méthodologiques pour l’exploration de données métagénomiques massives.

Kevin DA SILVA


Sébastien FROMENTIN


Franck GAUTHIER


Susie GUILLY


Marie JEAMMET


Hanna JULIENNE


Senthil MURUGAPIRAN


Florian PLAZA-ONATE


Florence THIRION


Nicolas MAZIERS

Medecin et Bioanalyste


Kévin WEISZER


Pierre LEONARD


Service support

Marine FRAISSANGE

Human resources


Damien TOTY

Ingénieur Qualité